திமுக ஆட்சி காலத்தில் தன் மீது பதிவு செய்யப்பட்ட அவதூறு வழக்கை ரத்து செய்யக் கோரி, வைகோ தொடர்ந்த வழக்கை தள்ளுபடி செய்து சென்னை உயர்நீதிமன்றம் உத்தரவிட்டுள்ளது.
மதிமுகவை உடைக்க அப்போதைய தமிழக முதல்வரும் திமுக தலைவருமான கருணாநிதி முயற்சி செய்வதாக, கடந்த 2006 ஆம் ஆண்டு அப்போதைய பிரதமர் மன்மோகன் சிங்கிற்கு வைகோ கடிதம் ஒன்றை எழுதினார். இந்த கடிதத்தை தொடர்ந்து, அப்போதைய தி.மு.க அரசு, வைகோவுக்கு எதிராக அவதூறு வழக்கு தொடர்ந்தது. இந்த வழக்கானது சென்னையில் உள்ள எம்.பி, எம்.எல்.ஏகளுக்கு எதிரான வழக்குகளை விசாரிக்கும் சிறப்பு நீதிமன்றத்தில் நிலுவையில் உள்ளது. இந்த அவதூறு வழக்கில் இருந்து வைகோவை விடுவிக்க மறுத்த சிறப்பு நீதிமன்ற உத்தரவை எதிர்த்து வைகோ சார்பில் சென்னை உயர் நீதிமன்றத்தில் மேல் முறையீடு செய்யப்பட்டது. வழக்கை விசாரித்த உயர் நீதிமன்றம் வைகோவின் மனுவை தள்ளுபடி செய்து உத்தரவிட்டது